İnstitutun xəritə fondu Torpaqların genezisi, coğrafiyası və xəritəçiliyi laboratoriyasının nəzdində 1945-cı ildən fəaliyyət göstərir. Fondun əsasını 1000-dən artıq iri və orta miqyaslı institutun əməkdaşları tərəfindən hazırlanmış xəritələr təşkil edir. Bununla yanaşı xəritə fondunda nadir və çox qiymətli kartoqrafik material olan 1926-1927-cı illərdə hazırlanmış xəritələr də vardır. Xəritə fondunda Azərbaycanın torpaq örtüyünü səciyyələndirən torpaq xəritələri, əkin sahələrinin strukturunu və bonitetini əks etdirən kartoqramlar, torpaq fondunun qiymətləndirən və torpaq-aqroiqlim rayonlaşdırılması, torpaqların duzluluğu, eroziyası üzrə və s. xəritələrdə mövcuddur.
